Совмещение структур.
1. Отбор структурных гомологов пептидогликановой гликозилтрансферазы из Burkholderia ambifaria 5UY7.
Для этого был использован сервис PDBeFold . Из полученного списка гомологов, были выбраны белки с RMSD между 0,8 и 2,5 и длиной выравнивания более 50% от длины белка 5uy7. Для этого белка аннотировано 21 элемент вторичной структуры (Nsse).
| Название | ID | RMSD | Q-score | N align | N sse | N align/ N query,% |
| Транспептидазный домен PBP2 из NEISSERIA GONORRHOEAE | 4u3t:B | 1.165 | 0.82 | 306 | 21 | 52.1% |
| PBP2 из NEISSERIA GONORRHOEAE c 4мя мутациями для устойчивости | 3eqv:B | 1.001 | 0.6341 | 308 | 21 | 53.2% |
| PBP3 из ACINETOBACTER BAUMANNI | 3ue3:A | 1.209 | 0.6118 | 313 | 21 | 54.1% |
| PBP2X из STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE | 2z2l:B | 2.093 | 0.5013 | 294 | 18 | 50.8% |
2. Совмещение структур.
Затем был получен файл с множественным выравниванием структур fasta. В нем количество выровненных остатков - 289, число выровненных элементов вторичной структуры (SSE) - 18, общий RMSD - 1.567 и общий Q-score - 0.4792.
Ниже представленно изображение полученного структурного выравнивания.
С PDBeFold также был скачан файл с совмещенными структурами rasmol, из которого затем был получен файл pdb для визуализации совмещенных структур с помощью Pymol.
За исключением петель структуры довольно хорошо совмещаются друг с другом.
Затем было построено выравнивание последовательностей с помощью программы JalView по алгоритму Muscle. Выравнивание не очень хорошее, так как много гэпов и мало консервативных позиций, кроме того последовательности 3eqv и 3ue3 длиннее остальных. Выравнивание полученно в виде файла fasta.
Ниже показано изображение выравнивания по структурам, сделанное с помощью PDBeFold. В нём тоже много гэпов и мало консервативных частей, и две последовательности длиннее других.
Рассмотрим эти выравнивания подробнее. Первый выровненный участок 97-143 (нумерация по структурному выравниванию) практически совпадает с первым участком выровненным по последовательностям, еоторый лишь на пару аминокислот длиннее. Следующий участок в структурном выравнивании 159-214, в выравнии по последовательностям начинается на аминокислоту позже и длится больше. Далее дела обстоят примерно также, выравнивая различаются немного расстановкой гэпов и длинами выровненных блоков. Так в выравнии по последовательностям 7 выровненных блоков, а в выравнивании по структурам - 8. В выравнии по последовательностям 42 абсолютно консервативные колонки, тогда как в выравнии по структурам 41. В выравнивании по последовательностям есть еще консервативная колонку 448. Позиции 280-290 лучше выровнены выравниванием по последовательностям. А позиция 214 лучше выровнена структурным выравниванием (220 в выравнии по последовательностям). Практически нет колонок которые лучше были бы выровнены структурным выравниванием, поэтому в целом более правильное выравнивание по последовательностям.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015